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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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IBD 计算2

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老师，我想做一下分子方差分析AMOVA，咱们有相关的代码嘛，好多群体遗传文献里有这个分析，不知道咱们可以提供嘛？

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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老师，结构变异与基因表达分析中，运行这条指令（删除一些不需要的基因表达量，得到的结果为0），下面为一些过程文件的前几行内容，请老师看一下什么原因

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二代DNA测序数据进行kmer分析，结果如下图，想请问可能的原因和建议。

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泛基因，运行代码时出现错误

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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

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想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

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CAZy注释阶段，hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

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[main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz'

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IBD 计算2

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

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20 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

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老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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IBD 计算2