再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？
# 停止 docker 服务sudo systemctl stop docker.socket sudo systemctl stop dockersudo systemctl stop docker.service # 启动 docker 服务sudo systemctl daemon-reloadsudo systemctl restart docker.service
例如导入NCBI安装好的sratoolkit工具的docker镜像，免去安装的麻烦：https://github.com/ncbi/docker/tree/master/sra-toolkit 目前最新的版本2.10.4：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
服务器重启，docker很多容器都挂掉 可以设置重新启动容器， docker restart $(docker ps -a -q) #批量启动所有容器
解决办法：1.加大docker的内存：https://www.omicsclass.com/article/1413 2.可能由于编译plink软件的系统和运行软件的系统不同，也就是内核不同可能导致segmentation fault， 这种原因是系统原因的问题只能换个电脑试试；
docker 是一个容器化的技术，能够将一些运行的环境打包成一个容器，可以在任何平台上跑，非常的方便。 记录一些常用的docker 命令： 1. 查看docker 所有容器的状态 docker ps -a 2. 查看docker 镜像列表 docker images 3. 运行docker 容器...
1、 首先创建docker用户组，如果docker用户组存在可以忽略 sudo groupadd docker 2、把用户添加进docker组中 sudo gpasswd -a omicsclass docker 3、重启docker，用户重新登录系统就可以使用docker了 sudo service docker restart #centos6 systemctl res...
第一种方法：直接在线转换 singularity pull rnaseq.sif docker://rnaseq:latest 第二种方法：有时候网速不好，可以用本地docker文件转换 #导出docker镜像 docker save omicsclass/rnaseq:latest | gzip > rnaseq.tar.gz #镜像保存 #如果导出的镜像是gz压...
0、镜像源参考 中国区官方镜像：https://registry.docker-cn.com 中科大源：https://docker.mirrors.ustc.edu.cn 阿里源：https://cr.console.aliyun.com 腾讯源：https://mirror.ccs.tencentyun.com 网易源：http://hub-mirror.c.163.com ...... 注：除了中科大源，其他未...
...把新的镜像load上去，就需要对原有的镜像进行重命名（docker load 命令将从 tar 文件中加载镜像，并使用镜像在 tar 文件中的名称和标签），比如我们当前的环境中已经有一个镜像叫做reseq，版本号是v2.0： 那我们需要load进去一个...
1. 查询默认的存储路径 # docker info |grep "Root Dir"Docker Root Dir: /data/dockerimages 2. 创建新的镜像存储目录 cd /datamkdir dockerimages 3. 将已有的docker目录移动到新的路径下 mv /var/lib/docker /data/dockerimages 4. 两种方式挂 载到新的目录 (1). ...
基因组重测序docker镜像已经更新2.0： 1.主要是一些软件升级到最新如：fastp，samtools，bwa，GATK ,一些R包等 2.GATK 更新到4.4.0.0，更新群体大规模Call SNP方法； 3.更新大样本量，并行运行讲解 4.其他代码优化等 使用方法： docker ...
...方法1： 使用 Homebrew 安装： Homebrew 的 Cask 已经支持 Docker Desktop for Mac，因此可以很方便的使用 Homebrew Cask 来进行安装： $ brew cask install docker 安装方法2： 手动下载安装： 如果需要手动下载，请点击以下链接下载 Stab...
docker容器内默认是root用户执行，但是挂载的文件夹，到主机中的结果为root的，主机用户没有权限解决办法： 是在容器内取修改文件的属主解决： 在docker容器里面将文件属主修改为自己的用户名： 1.在容器外用id命令获得自...
是因为与/etc/yum.repos.d/docker-ce.repo有关，删除这个文件，然后运行yum update -y更新缓存