所有流程在docker里面能正常使用。但由于是在HPC服务器上跑,只支持singularity,因此将docker容器转化为singularity的沙盘后运行。发现多个涉及repeatmasker的脚本不能正常运行,原因是repeatmasker没有配置rmblast。于是手动cofigure,提示...
singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似,但是相比与docker需要root权限,或者专门添加用户组,singularity在非root时也可使用,且轻量级,修改方便。singularity镜像有两种格式:sif格式可用于部署;sanbox格式是可写...
...务器分析微生物数据,购买了宏基因组和16s课件,在学习docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难,ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz ./,运...
perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt 在执行这个指令时,出现:Can't open perl script "script/mRNAid_to_geneid.pl": No such file or directory 错误,是perl脚本没有封装在容器中吗?
下面命令中用到的qtlplot怎么下载,从哪里下载安装到服务器上,不使用docker的情况下 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast
第一遍装时应该是正常的,重装之后出现了以下错误,怎么破?