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简便好用的序列提取的perl脚本
perl中如何随机抽取数组中的一个元素。
ActivePerl安装perl模块
正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式,可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非...
有时候们会需要基因的启动子序列,这里有脚本可以提取基因组所有基因的启动子序列。
搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R(java环境)
SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记,其具体用法: perl SNP2CAPS.pl chr5D:9950377.fa_1 link_gcg AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII > chr5D:9950377.txt 其中...
在merged.gtf文件中有所有外显子的信息,下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例: Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + ...
perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能,文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。
对组装结果中GAP左右批量设计引物
以前处理文件路径的时候都是自己写正则表达式,而用perl的模块来解决则更加迅速、准确。
截取,反向互补,读入,写出,筛选等
网易云基因家族课程中,在提取基因在染色体上的位置信息使用到的是一个脚本,大家经常的遇到一个问题就是没有提取出来信息。 下面是可能存在的问题之一: 脚本在处理信息时与gff文件的匹...
生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件,是可以被Perl读取的,但遇到真的excel文件时,就不行了,这时候就需要使用模块 使用的模块为: Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::Writ...
Perl读取文件中的科学计数法数字是是以字符串读取的,需要将其转化为小数,方法如下 use Math::BigFloat;my $i = new Math::BigFloat '1.931533e-01'; 这里用到了Math::BigFloat这个包,就...
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