GATK - 组学大讲堂问答社区

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GATK HaplotypeCaller - Shutting down engine

omicsgene 2021-09-17 09:37:36

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gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

omicsgene 2021-09-16 09:59:52

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在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

杨辉 2020-12-07 10:10:48

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GATK中call SNP出来的SNP里面的ALT列出现 * 星号啥意思？

omicsgene 2020-02-25 11:05:34

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GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

omicsgene 2020-02-24 16:52:51

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SNPcalling的方式有samtools结合bcftools，或者bcftools，或者gatk，三者之间有什么区别，那种方式更好一些

杨辉 2020-01-09 23:03:31

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我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时，运行命令后，并没有生成去除重复reads后的bam文件，请问是什么原因？

杨辉 2019-12-14 13:46:47

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-bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

钱源 2019-09-03 15:31:28

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钱源 2019-09-02 17:27:00