群体结构分析 - 组学大讲堂问答社区

群体结构分析

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群体结构分析时，执行代码报错

 2024-08-29 21:35:35

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老师您好，我问过我们这边的一个老师，他是直接用的我的plink_pca.eigenvec文件直接在R绘制的，并且没有用我的分组信息，直接PCA就可以做出来图，他说可能是我的分组有点问题，但是我用这个分组可以完成进化树和structure绘图，做PCA的图却只有框没有点

Invincible 2022-04-08 09:46:04

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老师您好，我在进行连锁不平衡分析时，在这一步遇到了问题，这是什么原因呀，我的分组是这样的，是不是因为我的每个分组里只有一个样品才不行呀

Invincible 2022-04-06 21:01:16

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老师您好，我在fasttree构建系统发育树这一步，程序会被kill掉，看不到报错，前面的程序运行的都没有问题，唯一的一处报错出现在给vcf文件排序这里，但是这一步生成文件了而且下一步转换格式也没有问题，这个该怎么解决呀

Invincible 2022-04-04 16:09:23

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老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀

Invincible 2022-04-02 21:18:54