vcftools

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老师，在第三步vcf文件过滤时，得到的all.clean.vcf文件太小了，宽松设置调整数值后，依旧很小，怎么办啊，有没有其他的方法，可以让最后的数据大一些啊

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

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vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用

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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo

  • WHR 2024-03-04 16:56:00
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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

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遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

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#Fst 群体间多样性差异 vcftools Error: Unknown option:

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在用vcftools提取指定区域文件的时候出现的以下warning是什么意思，对提取文件有没有影响？

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VCFtools过滤时结果里什么都没有是为什么

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你好，我想问一下，我想从大的vcf文件里面提取出我想要的多个个体，我要怎么操作呢?搞了好久没搞明白

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